Un extraordinaire télescope a besoin d'un site exceptionnel. Aussi accorde-t-on une grande attention au choix du futur site de l'E-ELT afin qu'il soit le plus approprié possible. Le site choisi est en général un site sec de haute altitude afin de limiter les perturbations pour les observations. L'équipe en charge de la sélection du site de l'E-ELT continue d'étudier très méticuleusement plusieurs sites possibles en Argentine, au Chili, au Maroc et en Espagne.

L'équipe de sélection du site pour le TMT (Thirty-Meter Telescope) développe les mêmes efforts. Dans un souci d'efficacité, les sites présélectionnés pour le TMT (tous au nord et au sud de l'Amérique) ne sont pas retenus dans les recherches pour l'E-ELT, mais les données sont échangées. Dans le courant de l'été 2009, il a été décidé d'installer le TMT sur le Mont Mauna Kea à Hawaï.

Concernant le site de l'E-ELT, le rapport final doit être rendu à la fin 2009 et la décision finale sera prise en 2010.