Un telescopio straordinario richiede un sito eccezionale. Ci si sta impegnando molto, dunque, per assicurarsi che la futura dimora dell'E-ELT sara' la piu' adeguata possible. Questo generalmente significa un sito elevato e secco, che in questo modo ostacoli il meno possible le osservazioni. La commissione per la selezione del sito dell'E-ELT sta al momento esaminando molto dettagliatamente diversi possibili siti, in Argentina, Cile, Marocco e Spagna.

Simili sforzi sono stati intrapresi dalla commissione per la selezione del sito del Thirty-Meter Telescope (TMT). Al fine di essere efficienti, i siti pre-selezionati per il TMT (tutti nel Nord e il Sud America), non sono compresi nello studio dell'E-ELT, ma i dati sono condivisi.

Il resoconto finale e' in scadenza entro la fine del 2009. La decisione finale sulla scelta del sito verra' presa nel 2010.